Pestrost vegetace Moravského krasu je, zvláště v porovnání s okolním nekrasovým územím, nápadná již na první pohled. Spolupůsobí zde řada faktorů, k nejdůležitějším patří geologická stavba, členitý reliéf a mikroklimatické podmínky, které se často na malých vzdálenostech výrazně mění. Důležitou roli hrají i poloha Moravského krasu na rozhraní hercynské, panonské a karpatské biogeografické oblasti a vlivy dob ledových. Do vývoje a skladby rostlinných společenstev dlouhodobě zasahuje také člověk.

Nejjižnější části Moravského krasu jsou typické výskytem teplomilných druhů, které sem pronikají z panonské oblasti a severněji se v krasu objevují jen zřídka. Charakteristické pro jižní a částečně střední části krasového území jsou především dubohabrové lesy. Z komplexu těchto lesů vystupují některé lokality, na jejichž jižních svazích se setkáme s výrazně teplomilnou vegetací. Takové ostrůvky teplomilných druhů najdeme ovšem i na jižních svazích strání a skal i v severní části Moravského krasu.

Největší plochy severní a částečně střední části Moravského krasu náleží bučinám či jedlobučinám. Na příkrých nepřístupných svazích krasových údolí se uchovaly suťové lesy – jasanové a lipové javořiny. Unikátní druhy osídlily propast Macochu. Pro Macochu a hluboká údolí žlebů je typická tzv. vegetační inverze – na dno svítí slunce jen málokdy a panuje tam zima a vlhko, zatímco výše umístěné části dostávají více slunečního záření. V nižších částech tak paradoxně najdeme spíše horské druhy (stromy javor klen či jilm horský doplňují v podrostu měsíčnice vytrvalá, plavuň pučivá nebo jelení jazyk celolistý), zatímco o 100 až 150 metrů výše rostou teplomilné dříny jarní, jeřáb dunajský, tařice skalní či kavyl Ivanův. Pro údolní dna jsou typická lužní společenstva a místy i mokřady.

Na území CHKO Moravský kras rostou i nepůvodní druhy, často člověkem zavlečené a šířené – například borovice černá či douglaska tisolistá. Problematické jsou tzv. invazní druhy, jako je trnovník akát, pajasan žláznatý, netýkavka žláznatá, křídlatka japonská, bolševník velkolepý (již téměř vyhuben), celík kanadský a obrovský nebo americké druhy hvězdnic.