Klima v oblasti Moravského krasu je výrazně ovlivněno členitým reliéfem, takže podmínky v blízkých částech mohou být zcela odlišné jak od sousedních oblastí, tak od okolí Moravského Krasu.

Teploty a sluneční svit

Příznivost podnebí pro život rostlin i živočichů je výrazně ovlivněna úhrnnou intenzitou dopadajícího slunečního záření. To je z velké části dáno trváním slunečního svitu. Nejkratší sluneční svit zaznamenáme v zimních měsících a nejdelší, zhruba šestkrát větší, v létě. Severní část Moravského krasu má přitom výrazné maximum trvání slunečního svitu v srpnu, jižní v květnu. Kromě slunečního svitu je významnou klimatickou charakteristikou i oblačnost. Nejvyšší průměrnou oblačnost má obvykle prosinec, kdy se pokrytí oblohy pohybuje těsně pod osmi desetinami. Nejnižší hodnoty jsou v září, kdy pokrytí oblohy klesá v průměru na 4,5 desetiny.

Podle průměrných ročních teplot je nejteplejší jižní část krasu (8,4 °C). Od Ochozu po Jedovnice lze zhruba vymezit střední část krasu s průměrnou roční teplotou 7,7 °C. V severní části krasu klesá pak průměrná roční teplota vzduchu na 6,5 °C. Roční chod teploty vzduchu vyjádřený průměrnými měsíčními teplotami ukazuje, že nejchladnějším měsícem je leden, jehož teplota se pohybuje v jižní části krasu kolem -2,1 °C, ve střední je -2,8 °C, v severní na stanici Rozstání pak -3,7 °C. Nejteplejším měsícem je obvykle červenec, jehož průměrná teplota se pohybuje v jižní části krasu kolem 18,4 °C, ve střední části 18,0 °C a v severní části pak 16,2 °C.

Vliv nadmořské výšky na roční chod teploty vzduchu se velmi dobře projeví porovnáním dubnových a říjnových teplot. Ve vyšších polohách je podzim teplejší než jaro, jelikož delší trvání sněhové pokrývky na jaře znatelně snižuje teploty vzduchu. V jižní části Moravského krasu dochází na jaře ke dřívějšímu a intenzivnějšímu oteplení (rozdíl v průměrné teplotě dubna mezi jižní a severní částí je 2,5 °C), kdežto na podzim nejsou rozdíly v teplotách významné.

Teplotní poměry lze vedle průměrných měsíčních teplot velmi dobře vyjádřit i délkou období s charakteristickými teplotami. Ta má význam v růstu i rozvoji rostlinstva i živočišstva, ovlivňuje procesy větrání a režim spodních i povrchových vod. Průměrná denní teplota 0 °C a vyšší charakterizuje nástup i konec vlastní zimy. V jižní části krasu podle toho začíná zima v průměru kolem 13. prosince, zatím co v severní části již 26. listopadu. Stejné je to i s jejím koncem, který v jižní části krasu připadá již na 19. února, zatím co v severní části trvá zima až do 10. března.

Srážky

Moravský kras, zvláště jeho střední a severní část, patří mezi relativně vlhčí místa ČR. V chladném pololetí (říjen až březen) spadne ve střední části v průměru 210 mm srážek, to znamená kolem 39 % ročního úhrnu. V teplém pololetí (duben až září) spadne ve střední části 327 mm, to je 61 % ročního množství. Srážky v chladném pololetí i při zmenšeném výparu vody vedou díky nízké teplotě vzduchu k výraznějšímu růstu relativní vlhkosti vzduchu, pocitu nepříjemného sychravého chladna a tvorbě mlh. 

Roční chod srážek je značně proměnlivý. Maximum průměrných měsíčních úhrnů připadá na červenec. Minimální srážky se vyskytují v únoru. Značné odchylky v množství spadlých srážek jsou způsobeny místním tvarem terénu. V průměru v jižní části krasu spadne za rok kolem 550 mm srážek, ve střední pak asi 600 mm a v severní 700 mm srážek.

V severní části krasu leží sněhová pokrývka téměř dvakrát déle než v jižní části. Sněhová pokrývka, i když přerušovaná, se vyskytuje v Moravském krasu průměrně od konce listopadu do poloviny března.

Vítr

Převládající směr větru v jižní části Moravského krasu je severozápadní až severní, druhým převládajícím směrem je východní až jihovýchodní. Ve střední a severní části krasu se poněkud snižuje četnost jižních a jihovýchodních a naopak zvyšuje četnost severních směrů.