Území chráněné krajinné oblasti Broumovsko se člení do čtyř zón odstupňované ochrany přírody. Zařazení pozemků do jednotlivých zón slouží k bližšímu určení způsobu hospodářského využívání. První zóna má nejpřísnější režim ochrany. Podrobnější režim zón ochrany přírody chráněných krajinných oblastí upravuje právní předpis, kterým se příslušná CHKO vyhlašuje Vymezení a změny jednotlivých zón ochrany přírody stanoví Ministerstvo životního prostředí vyhláškou. Zonace CHKO Broumovsko je součástí Vyhlášky o zřízení CHKO č. 157/91 Sb.

I. zóna

První zóna (přírodní, jádrová) o rozloze 35 km2 zahrnuje nejcennější přírodní a přírodě blízké ekosystémy skalních oblastí (chráněné většinou ještě formou maloplošného zvláště chráněného území - národní přírodní rezervace, přírodní rezervacea přírodní památky) lesní porosty s přírodě blízkou druhovou skladbou a některé lokality druhově bohatých luk a mokřin. Pokrývá 8,5 % území. Veškerá činnost v I. zóně je podle zákona podřízena přísnému ochrannému režimu, je tu např. zakázána výstavba, změna vodního režimu, těžba nerostů aj. (viz § 26 zákona o ochraně přírody a krajiny). Území prvních zón zahrnuje nejcennější části území, zejména oblasti maloplošných chráněných území (Adršpašsko-teplické skály, Broumovské stěny, Ostaš, Kočičí skály, Křížový vrch a Borek) a další drobnější fragmenty přirozených společenstev v částech lesa s dochovanou přírodě blízkou druhovou skladbou (Lachovská Hejda, Dlouhý a Rohový vrch v Adršpachu, Pušvíza), popř. nejvýznamnější luční lokality s výskytem zvláště chráněných druhů (mokřadní louky v Řeřišném aj.).

II. zóna

Druhá zóna (přírodě blízká ochranná) o rozloze 57,4 km2 slouží jako ochranná zóna eliminující negativní vlivy okolního území na zónu první. Rozlohou tvoří 14 % území CHKO Broumovsko. Plocha II. zóny je tvořena převážně přírodě blízkými lesními společenstvy a vícedruhovými loukami, v současné době o výměře přibližně 270 ha. Ve II. zóně je zakázáno hospodařit způsobem vyžadujícím intenzívní technologie, které by mohly způsobit nevratné změny v biologické rozmanitosti a funkci ekosystémů a nebo nevratně poškozovat půdní povrch , používat biocidy, měnit vodní režim či provádět terénní úpravy. Dále je zakázáno zavádět intenzívní chovy zvěře (např. obory, farmové chovy a bažantnice) a pořádat soutěže na jízdních kolech mimo silnice, místní komunikace a místa vyhrazená se souhlasem Správy CHKO. Druhá zóna je vymezena jednak jako „nárazníkové území“ v okolí prvních zón (úpatí Broumovských stěn, masív Ostaše), popř. tam, kde se dochovaly souvislejší celky lesa s vyšším zastoupením dřevin přirozené druhové skladby v územích s dalšími geomorfologickými jevy (Javoří hory, Machovský Bor, Kozínek, Stárkovské stráně, Maršovské údolí, Adršpašská Hejda, Vernéřovická stráň apod.).

III. zóna

Třetí zóna (kulturně - krajinná) je tvořena převážně monokulturními lesy a mozaikou luk, pastvin a polí s bohatou mimolesní zelení, s rozptýlenou zástavbou a malými sídly. III. zóna o rozloze 252 km2 zaujímá 61,5 % území CHKO Broumovsko a nemá podle zákona žádné zvláštní ochranné podmínky (platí v ní základní ochranné podmínky pro CHKO). Třetí zóna zahrnuje zbylé části harmonicky utvářeného území včetně obcí a orné půdy. Jedná se často o území s významnými krajinářskými hodnotami, které však, až na malé enklávy, není tolik významné z hlediska zachování biodiverzity a zvláště chráněných druhů. Jedná se zejména o zbývající části Polické vrchoviny a hřeben Jestřebích hor.

IV. zóna

IV. zóna o rozloze 65,6 km2 zaujímá 16 % území CHKO Broumovsko a tvoří ji souvisle zastavěná území měst a intenzívně obdělávaná orná půda v okolí Broumova. Do čtvrté zóny CHKO Broumovsko byla zahrnuta území člověkem nejvíce pozměněná, kde jsou přírodní poměry zásadně negativně ovlivněny, zejména zástavbou a intenzivním zemědělstvím.
Jedná se o velké souvislé bloky zemědělské půdy v Broumovské kotlině a aglomeraci města Broumova. I toto území je však z velké části významné z hlediska dochování tradičního krajinného rázu – unikátní skupina broumovských barokních kostelů,
tradiční zástavba v obcích - broumovské zděné statky (např. vesnická památková rezervace v obci Křinice apod.)