Zcela zvláštní podmínky existují na dně propasti Macocha a v jeskyních, což vedlo ke vzniku vyhraněných společenstev jeskynních druhů. Tato společenstva se postupně utvářela z druhů živočichů vázaných původně na chladná a stinná místa na povrchu. Jsou složena jednak z tzv. troglobiontů (pravých nebo výlučně jeskynních druhů), dále troglofilů (druhů, které žijí např. také v sutích, pod kameny, ve stinných vlhkých lesích) a konečně druhů, které pronikají do podzemních prostor jen příležitostně nebo zcela náhodně. 


Pravými jeskynními druhy jsou především někteří chvostoskoci a roztoči. Jsou mezi nimi i glaciální a interglaciální relikty (pozůstatky dob ledových a meziledových), například chvostoskok Shaefferia emucronata. Za zmínku stojí i druhy nově popsané pro vědu z Amatérské jeskyně, chvostoskoci Onychirius rauseri a Arrhopalites ruseki. Do jeskyní pronikají ve značném počtu a často velmi hluboko i druhy, které bychom zde neočekávali – např. můra sklepní, píďalka jeskynní nebo třeba pijavka koňská. Hojným pavoukem vstupních částí jeskyní je pak meta jeskynní.

Ze savců jsou dominantní skupinou netopýři, kteří tvoří také nejdůležitější složku ve společenstvu jeskyní. Z 27 druhů netopýrů zjištěných z území České republiky jich bylo na území CHKO Moravský kras potvrzeno 24. Netopýři využívají jeskyní především k zimnímu spánku, netvoří v nich letní kolonie. V zimě jsou nejpočetnějšími druhy netopýr velký, vrápenec malý a netopýr černý. Při zimování bylo v jeskyních zjištěno celkem 18 druhů – chybí např. netopýr rezavý, n. stromový a n. parkový. V období mimo zimování tvoří významný podíl společenstev netopýrů netopýr velký, n. vodní, n. řasnatý, n. velkouchý a n. brvitý.

V Macoše hnízdění několik druhů ptáků, v minulosti zde existovala ve skalní stěně hnízdní kolonie rorýse obecného.