Společenstva údolních niv jsou tvořena vlhkomilnými a často i chladnomilnými druhy. V inverzních polohách na dnech žlebů se můžeme setkat i s druhy podhorskými nebo dokonce horskými. Vlhké louky s charakteristickou faunou byly na území Moravského krasu bohužel většinou zničeny (přeměněny na ornou půdu, na kulturní louky, zalesněny apod.) a s nimi zmizely i četné pozoruhodné druhy. 

Poměrně rozšířený je na krvavcových loukách ve střední a severní části CHKO Moravský kras celoevropsky ohrožený modrásek bahenní. V okolí přírodní rezervace Mokřad pod Tipečkem se dosud vyskytují vlhkomilné druhy ohniváček modrolesklý a perleťovec kopřivový. Z druhů vyšších poloh byly ve spodních částech hlubokých údolí zjištěny např. můry dřevobarvec zimolézový, kovolesklec jestřábníkový, šedavka horská, š. rudoskvrnná, můra horská, osenice velká a o. ptačí.

V údolních nivách se pravidelně vyskytuje konipas horský, ledňáček říční a skorec vodní. Častým hostem tu pak je i čáp černý, jehož hnízdění však nebylo v posledních letech potvrzeno.

Křtinský potok je významnou lokalitou vranky obecné, zatímco v Říčce jich žije jen málo. Mlok skvrnitý se v Moravském krasu rozmnožuje jen na dvou místech, u Štajgrovky a v západní části NPR Býčí skála. Početná populace raka říčního naopak žije na severu území v Bílé vodě. Z bezobratlých zde žijí např. jepice předjarní a četné další druhy jepic, pošvatek, chrostíků a dalších vodních druhů hmyzu. Důležitý je výskyt máloštětinatce Bythonomus absoloni ve vodním toku Punkvy v oblasti Macochy, který je považován za endemita Moravského krasu.