Lesní společenstva bezobratlých jsou značně rozmanitá v závislosti na charakteru porostu, jeho druhovém složení, bylinném a keřovém podrostu apod.

Teplomilné doubravy a dubohabřiny v jižní části území obývají většinou široce rozšířené lesní druhy nížin a pahorkatin. Z vzácnějších druhů zde žijí např. drabčík Quedius ventralis, kovařík Ischnodes sanguinicollis, nebo v rámci Česka extrémně vzácní kovařík fialový a krasec dubový. Poměrně hojný je naopak nápadný roháč obecný, na vlhčích místech žije zářivě zbarvený střevlík zlatolesklý, z dvoukřídlých masařky Myorhina discifera a Sarcophaga moravica, druhá z nich popsaná z okolí Hostěnic. Březové porosty provází vzácný severský hřbetozubec jarní, který se v Moravském krasu vyskytuje na jihozápadní hranici svého areálu. Světlé lesy s navazujícími loukami či stepními enklávami využívá jasoň dymnivkový, který žije na mnoha místech v jižní a střední části území. Na podobných místech se setkáme i s okáčem medyňkovým.


Charakteristickými druhy bučin, jedlobučin a podhorských suťových lesů jsou masařky Myorhina lunigera a M. pandifera, střevlík nepravidelný, prskavec větší, tesařík Acanthocinus reticulatus, adéla Adela associatella, píďalka šedokřídlec jilmový, píďalka kuřičková a štětconoš smrkový. K největším vzácnostem těchto biotopů patří píďalka šťavelová, známá nejblíže z Alp a Novohradských hor.

Z větších savců jsou běžnými obyvateli lesních komplexů např. kuna skalní, jezevec lesní, liška obecná, srnec obecný a prase divoké. V jižní a střední části Moravského krasu se objevuje muflon, vzácně jelen evropský. Občasně se tu zdržuje i rys ostrovid, jehož rozmnožování však nebylo potvrzeno už několik desetiletí.

Z drobných savců jsou nejhojnější v severní části chráněného území norník rudý, hrabošík podzemní a poměrně hojný je i rejsek obecný. Myšice lesní a m. křovinná dominují v jižní části krasu. Dosud bylo zjištěno 7 druhů hmyzožravců a 16 druhů hlodavců.

Z ptáků jsou charakteristickými druhy bučin lejsek malý, l. bělokrký a holub doupňák.